第一部 忍者神龜
是在1980年代轟動全球的知名卡通，描寫住在紐約市的下水道的四隻基因突變烏龜，最終完成了打擊犯罪的任務。
第二部 忍者神龜2/忍者神龜續集
講述忍者神龜們發現了變種物質的泄漏之處，但史萊德同時也發現這一秘密，於是他們之間又展開了新一輪的戰斗，而忍者神龜們也在戰斗中得到了提高！
第三部 忍者神龜3
忍者神龜被一把神奇的魔杖傳送到了17世紀的日本,他們將在那裡對抗邪惡的Norinaga勛爵,並奪回魔杖拯救紐約市!
第四部 旋風再起
原來，億萬富翁、高科技巨子馬克斯·溫特斯，為了彌補自己在3000年前犯的錯誤，試圖抓住3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召喚出來的13隻魔獸送回去，而溫特斯的四個兄弟（石人）卻想召集一支遠古魔獸軍團，妄圖稱霸世界！而神龜的宿敵--紐約腳幫，也加入了溫特斯旗下，為虎作倀。這支最終形態的精英忍者們，本就隸屬施萊德掌控，如今在施萊德義女凱利的領導下，更是組織嚴明。
第五部 永遠的忍者神龜
在一次在技術大廈中的戰斗中，1987年的忍者神龜們被傳送到了2003版的世界。當1987年的神龜達到2,003的神龜世界，03版的神龜不太喜歡他們（除了米開朗基羅，因為他認為87版神龜是幽默的），覺得他們太愚蠢和幼稚。同時，利用空間轉換門，1987年的施萊德和朗格把2003版的阿特姆施萊德傳回了地球。87版的技術大廈、福特兵和超級變異劑，以及03版的強悍的施萊德，將為世界帶來新的威脅。