第一部 忍者神龟
是在1980年代轰动全球的知名卡通，描写住在纽约市的下水道的四只基因突变乌龟，最终完成了打击犯罪的任务。
第二部 忍者神龟2/忍者神龟续集
讲述忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处，但史莱德同时也发现这一秘密，于是他们之间又展开了新一轮的战斗，而忍者神龟们也在战斗中得到了提高！
第三部 忍者神龟3
忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!
第四部 旋风再起
原来，亿万富翁、高科技巨子马克斯·温特斯，为了弥补自己在3000年前犯的错误，试图抓住3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召唤出来的13只魔兽送回去，而温特斯的四个兄弟（石人）却想召集一支远古魔兽军团，妄图称霸世界！而神龟的宿敌--纽约脚帮，也加入了温特斯旗下，为虎作伥。这支最终形态的精英忍者们，本就隶属施莱德掌控，如今在施莱德义女凯利的领导下，更是组织严明。
第五部 永远的忍者神龟
在一次在技术大厦中的战斗中，1987年的忍者神龟们被传送到了2003版的世界。当1987年的神龟达到2,003的神龟世界，03版的神龟不太喜欢他们（除了米开朗基罗，因为他认为87版神龟是幽默的），觉得他们太愚蠢和幼稚。同时，利用空间转换门，1987年的施莱德和朗格把2003版的阿特姆施莱德传回了地球。87版的技术大厦、福特兵和超级变异剂，以及03版的强悍的施莱德，将为世界带来新的威胁。